Přístroje pro :
Přístroje pro molekulární genetiku
NextSeq
- Výrobce: Ilumina
- V CLIPu od roku 2015
- Jedná se o sekvenační nástroj nové generace pracující na principu masivně-paralelního sekvenování umožňuje sekvenování exomů, transkriptomů i cílených genomových úseků
- Pracuje na principu fluorescenčně značených nukleotidů pro detekci jednotlivých bází začleňovaných do rostoucích řetězců DNA
- Umožňuje získání až 400M readů v jediném běhu s volitelnou délkou 75-150bp
Ion Personal Genome Machine
- Výrobce: Life Technologies
- V CLIPu je od roku 2012
- Jedná se o stolní sekvenátor nové generace pracující na principu masivně-paralelního sekvenování. Během sekvenace přístroj detekuje vodíkové ionty, které se uvolňují po zapojení nukleotidu do DNA řetězce a získanou informaci převádí do digitální podoby.
- Dokáže pracovat se 3 typy polovodičových čipů, při použití největšího z nich je možné během několika hodin získat az 1 Gb sekvenačních dat.
- Produkuje ready o délce 35 - 400 bp s přesností 99 %
- Plánujeme jej využít při sledování minimální reziduální nemoci pomocí stanovení repertoáru přestaveb genů pro imunoglobuliny a T-buněčné receptory
 |
 |
 |
Agilent 2100 Bioanalyzer
- V CLIPu je od roku 2005 a od roku 2009 jsou 2
- Používáme jej k vyhledávání vhodných cílů pro sledování minimální reziduální nemoci u pacientů s akutní lymfoblastickou leukemií
LightCycler480 II
- Výrobce: Roche
- V CLIPu je jiz nekolik let
- Používá se pro vyhledávání bodových mutací, které zvyšují pravděpodobnost výskytu trombofilních onemocnění
TaqMan 7500 Fast Real Time PCR System
- Výrobce: Applied Biosystems
- V CLIPu máme 3, první od roku 2008 a poslední přibyl letos
- Používají se na sledování minimální reziduální nemoci u akutních lymfoblastických i myeloidních leukémií
iCycler iQ Multicolor Real-Time PCR Detection System
- Výrobce: Bio-Rad
- V CLIPu máme 3
- Používají se na sledování minimální reziduální nemoci u akutních lymfoblastických i myeloidních leukémií
Cytometrické přístroje
Laboratoř je vybavena 3 průtokovými cytometry:
BD FACS Lyric
- 3 lasery, 13 fluorescenčních kanálů - SW: BD FACSuite
- Violet (405 nm) - 488/45, 528/45, 606/36, 715/50, 755LP
- Blue (488 nm) - 527/32, 586/42, 700/54, 783/56
- Red (640 nm) - 660/10, 720/30, 783/56
- Používá se hlavně na měření rutinních vyšetření.
BD FACS LSR II
- až 4 lasery, 17 fluorescenčních kanálů - SW: BD FACSDiva
- Violet (405 nm) - 450/50, 536/26, 586/42, 605/15, 655/30, 710/40, 780/40 - Omicron-Laserage Laserprodukte GmbH, Rodgau, Německo
- Blue (488 nm) - 530/30, 576/26, 615/20, 695/40, 780/60
- Yellow (561 nm) - 586/15, 615/20, 780/60 - Coherent, Santa Clara, CA, USA
- Red (633nm) - 660/20, 710/50, 780/60 - OBIS, Coherent, Santa Clara, CA, USA
- Výrobce: BD Bioscience, San Jose, CA, USA
- V CLIPu je od roku 2006
- Používá se pro výzkumné účely na měření experimentálních vzorků, například k měření DNA, mozkomíšních moků, PNH, EMA
 |
 |
 |
BD FACS Celesta
- 3 lasery, 12 fluorescenčních kanálů - SW: BD FACSDiva
- Violet (405 nm) - 450/50, 525/50, 610/20, 670/30, 780/60
- Blue (488 nm) - 530/30, 575/25, 695/40, 780/60
- Red (640 nm) - 670/30, 730/45, 780/60
- Používá se pro výzkumné účely na měření experimentálních vzorků.
K dispozici je 1 spektrální cytometr:
Cytek Aurora
- 4 lasery - SW: SpectroFlo
- UV (355 nm) - 16 kanálů, 365 - 829 nm
- Violet (405 nm) - 16 kanálů, 420-826 nm
- Blue (488 nm) - 14 kanálů, 498 - 829 nm
- Red (640 nm) - 8 kanálů, 652 - 829 nm
- Používá se pro výzkumné účely na měření experimentálních vzorků.
Dále je laboratoř vybavena unikátním hmotnostním cytometrem
CyTOF 2
- SW: CyTOF
- Tento cytometr umožňuje měření až 120 parametrů (hmotnostních značek - neradioaktivních izotopů kovů vzácných zemin).
- Výrobce: DVS Sciences/Fluidigm
- V CLIPu je od roku 2015
- Umožňuje detekci až 120 molekulárních značek neradioaktivních izotopů na buňce: http://youtu.be/TCxk_30cTL4
 |
 |
 |
V laboratoři je také možné sortovat za využití sorteru:
BD FACS Aria III
- 3 lasery
- Violet (405 nm)
- Blue (405 nm)
- Diodový Red (637 nm) - OBIS, Coherent, Santa Clara, CA, USA
- Díky této konfiguraci je přístroj schopen měřit 11 fluorescenčních parametrů
- Výrobce: BD Bioscience, San Jose, CA, USA
- V CLIPu je od roku 2011
- Tento přístroj využíváme k sortování především lymfocytárních subpopulací.
 |
 |
 |
Separační přístroje
RoboSepTM
- Výrobce: Stemcell Technologies
- V CLIPu je od roku 2009
- Jedná se o plně automatizovaný separátor buněk pracující na principu imunomagnetické separace
- Používáme jej k obohacování vzorku buněk o cílové subpopulace, např. k depleci nemaligních lymfocytů ze vzorku akutní myeloidní leukemie
 |
 |
ÄKTAFPLC
- Výrobce: GE Healthcare Life Sciences
- V CLIPu je od roku 2009
- Jedná se o chromatografický systém pro rychlou a snadnou purifikaci proteinů, vybavený automatickým nasáváním a sběračem vzorků
- Používáme jej spolu s chromatografickou kolonu Superdex 200 10/300 GL k separaci proteinů na jednotlivé hmotnostní frakce v rozsahu 700 až 10 kDa
 |
 |
 |
