Laboratorní centrum Kliniky dětské hematologie a onkologie 2. LF UK a FN Motol zve na kurz
Sekvenování nové generace – analýza dat
Komu je kurz určen:
Plánujete sekvenovat, ale nevíte, co si pak počnete s NGS daty?
Sekvenujete a analyzujete, ale chtěli byste přejít od komerčního „black.boxu“ k „reproducible research“ analýze?
Sekvenujete a analyzujete, ale chtěli byste se podívat, jak to dělá někdo jiný?
Žádnou analýzu neplánujete dělat (dělá to někdo za vás), ale chtěli byste tomu porozumět?
Pak přijďte, kurz je právě pro vás!
Termín konání: 11. 11. 2015, 9–16 hod.
Místo konání: budova Nové onkologie (č. 23), FN Motol, 4. patro – seminární místnost
Doprava: MHD – zastávka Sídliště Homolka, autobus č. 167 (ze zastávky Anděl); auto – parkoviště přímo za budovou v Roentgenově ulici (mimo areál FN Motol)
Registrace: přihlášky zasílejte na email: @email
Maximální kapacita kurzu je 25 účastníků.
Cena: akademická: 850 Kč, komerční: 1150 Kč
Občerstvení na celý den bude zajištěno.
Program:
I. Sekvenování (9.00–10.30)
Úvodní řeči [KF]
Jak vznikají NGS data – od nukleových kyselin k bajtům. [MK] (principy single-/paired-end knihoven, strandedness, indexování/barkodování, příprava knihoven a sekvenace)
[přestávka na kávu] 10 min
II. Analýza (10.40–14.30)
Jak NGS data vlastně vypadají? [KF] (formáty a typy dat: fastq, sam/bam, vcf, bed, wig, gff/gtf; raw data, reference, varianty)
Kvalita dat aneb jsou mé výsledky validní? [AD] (pokrytí, GC obsah, Phred skóre, duplikáty, mapping kvalita)
Principy genomiky NGS – Kde jsou mé SNPs, indely a jiné aberace? [JS] (alignment, setřídění dat, duplikáty, realignment, určení genetických variant, anotace variant):
a. Od sekvencí k aberacím
b. Alternativy, detaily a diskuse
[oběd] 30 min.
Jak na genovou expresi pomocí RNA-Seq (protože microarrays jsou již opravdu zastaralé) [KF/AD] (alignment, counting, normalizace countů aneb kdy nepoužívat rpkm, diferenciální genová exprese)
Prohlížení NGS dat a výsledků pro běžné smrtelníky [KF] (samtools, IGV, GenomeBrowser, UCSC)
[přestávka na čaj] 10 min.
III. Interpretace výsledků (14.30–16.00)
Co napoví, jaký význam mají NGS výsledky? [MK] (PolyPhen, SIFT, databáze)
A jak se v tom všem vyznat? [EF] (co, komu a jak reportovat – a co si raději nechat pro sebe – v případě nádorového i germline genomu na případech ze skutečného života)
Za organizační tým se na vás těší
Mgr. Karel Fišer, Ph.D.
MUDr. Eva Froňková, Ph.D.
Mgr. Jan Stuchlý
MUDr. Michaela Kotrová
Mgr. Alena Dobiášová