Pozvánka na kurz Sekvenování nové generace - analýza dat 27. - 28.1.2016

.

Laboratorní centrum Kliniky dětské hematologie a onkologie 2. LF UK a FN Motol zve na kurz

Sekvenování nové generace – analýza dat


Komu je kurz určen:

Plánujete sekvenovat, ale nevíte, co si pak počnete s NGS daty?

Sekvenujete a analyzujete, ale chtěli byste přejít od komerčního „black.boxu“ k „reproducible research“ analýze?

Žádnou analýzu neplánujete dělat (dělá to někdo za vás), ale chtěli byste tomu porozumět?

Termín konání: 27. - 28. 1. 2016

Místo konání:Pelouchova posluchárna, Nová budova teoretických ústavů 2. LF UK, Plzeňská 130/221, Praha 5 - Motol

Doprava: MHD – zastávka Motol, tramvaj 9, 10 ,16 (ze zastávky Anděl); auto – viz mapka

Registrace: přihlášky zasílejte na email: @email

Cena: akademická: 1500 Kč, komerční: 3000 Kč

Kurz je zaměřen na objasnění principů analýzy sekvenačních dat, není to workshop a nebudete tedy potřebovat vlastní počítače.

Program - 1.den :

I. Sekvenování (9.00–10.30)

Úvodní řeči [KF] (a referenční genom)

Jak vznikají NGS data – od nukleových kyselin k bajtům. [MK] (principy single-/paired-end knihoven, strandedness, indexování/barkodování, příprava knihoven a sekvenace)

[přestávka na kávu] 15 min

II. Analýza (10.45–16.00)

Jak NGS data vlastně vypadají? [KF] (formáty a typy dat: fastq, sam/bam, vcf, bed, wig, gff/gtf; raw data, reference, varianty)

Kvalita dat aneb jsou mé výsledky validní? [AD] (pokrytí, Phred skóre, duplikáty, mapping kvalita)

Genomika přehledně  [KF] (celý genom nebo jen část, pokrytí, alignment, variant calling, SNV/indels/structural variants)

Do hlubin a tajů genomiky [JS] (algoritmy, proč a jak se to dělá), Genomika – příklad [JS]

[oběd] 40 min.

Jak na genovou expresi pomocí RNA-Seq (protože microarrays jsou již opra

vdu zastaralé) [KF/AD] (alignment, counting, normalizace countů aneb kdy nepoužívat rpkm, diferenciální genová exprese)

RNA-Seq pro starší a pokročilé [KF] (exon usage, genetika, KEGG, GSEA)

[přestávka na čaj] 15 min.

DNA methylome – analyzujeme nadDNA [KF] (methylace DNA, CpG - ostrůvky, pobřeží, oceán)

ChIP-Seq do kapsy [AD] (k čemu je to dobré, kontrola, peak calling)

Sekvenační pajplajny – stručný úvod do analýzy dat [KF] (analytické nástroje a protokoly, pipelines, komerční vs otevřená řešení)

Program - 2.den :

III. Interpretace výsledků 09:00–11.30)

Prohlížení NGS dat a výsledků pro běžné smrtelníky [KF] (samtools, IGV, GenomeBrowser, UCSC)

Jak se vyznat v exomových a amplikonových datech [EF] (filtrování variant a jeho úskalí, databáze, predikční nástroje, co a jak reportovat)

[přestávka na kávu] 15 min

Příklady ze skutečného života (germline a nádorová genomika)

Za organizační tým se na Vás těší: Mgr. Karel Fišer, Ph.D., MUDr. Eva Froňková, Ph.D., Mgr. Jan Stuchlý, MUDr. Michaela Kotrová, Mgr. Alena Dobiášová

 

Vytvořeno: 5. 1. 2016 / Upraveno: 5. 1. 2016 / Odpovědná osoba: Administrátor