.
Laboratorní centrum Kliniky dětské hematologie a onkologie 2. LF UK a FN Motol zve na kurz
Sekvenování nové generace – analýza dat
Komu je kurz určen:
Plánujete sekvenovat, ale nevíte, co si pak počnete s NGS daty?
Sekvenujete a analyzujete, ale chtěli byste přejít od komerčního „black.boxu“ k „reproducible research“ analýze?
Žádnou analýzu neplánujete dělat (dělá to někdo za vás), ale chtěli byste tomu porozumět?
Termín konání: 27. - 28. 1. 2016
Místo konání:Pelouchova posluchárna, Nová budova teoretických ústavů 2. LF UK, Plzeňská 130/221, Praha 5 - Motol
Doprava: MHD – zastávka Motol, tramvaj 9, 10 ,16 (ze zastávky Anděl); auto – viz mapka
Registrace: přihlášky zasílejte na email: @email
Cena: akademická: 1500 Kč, komerční: 3000 Kč
Kurz je zaměřen na objasnění principů analýzy sekvenačních dat, není to workshop a nebudete tedy potřebovat vlastní počítače.
Program - 1.den :
I. Sekvenování (9.00–10.30)
Úvodní řeči [KF] (a referenční genom)
Jak vznikají NGS data – od nukleových kyselin k bajtům. [MK] (principy single-/paired-end knihoven, strandedness, indexování/barkodování, příprava knihoven a sekvenace)
[přestávka na kávu] 15 min
II. Analýza (10.45–16.00)
Jak NGS data vlastně vypadají? [KF] (formáty a typy dat: fastq, sam/bam, vcf, bed, wig, gff/gtf; raw data, reference, varianty)
Kvalita dat aneb jsou mé výsledky validní? [AD] (pokrytí, Phred skóre, duplikáty, mapping kvalita)
Genomika přehledně [KF] (celý genom nebo jen část, pokrytí, alignment, variant calling, SNV/indels/structural variants)
Do hlubin a tajů genomiky [JS] (algoritmy, proč a jak se to dělá), Genomika – příklad [JS]
[oběd] 40 min.
Jak na genovou expresi pomocí RNA-Seq (protože microarrays jsou již opra
vdu zastaralé) [KF/AD] (alignment, counting, normalizace countů aneb kdy nepoužívat rpkm, diferenciální genová exprese)
RNA-Seq pro starší a pokročilé [KF] (exon usage, genetika, KEGG, GSEA)
[přestávka na čaj] 15 min.
DNA methylome – analyzujeme nadDNA [KF] (methylace DNA, CpG - ostrůvky, pobřeží, oce
án)
ChIP-Seq do kapsy [AD] (k čemu je to dobré, kontrola, peak calling)
Sekvenační pajplajny – stručný úvod do analýzy dat [KF] (analytické nástroje a protokoly, pipelines, komerční vs otevřená řešení)
Program - 2.den :
III. Interpretace výsledků 09:00–11.30)
Prohlížení NGS dat a výsledků pro běžné smrtelníky [KF] (samtools, IGV, GenomeBrowser, UCSC)
Jak se vyznat v exomových a amplikonových datech [EF] (filtrování variant a jeho úskalí, databáze, predikční nástroje, co a jak reportovat)
[přestávka na kávu] 15 min
Příklady ze skutečného života (germline a nádorová genomika)
Za organizační tým se na Vás těší: Mgr. Karel Fišer, Ph.D., MUDr. Eva Froňková, Ph.D., Mgr. Jan Stuchlý, MUDr. Michaela Kotrová, Mgr. Alena Dobiášová